Smiltynės perkėla įkurta 1945 m. gegužės 20 d. kaip karinio upių laivyno padalinys, turėjęs vykdyti strateginę užduotį - garantuoti susisiekimą tarp dviejų krantų.
Palaipsniui, grįžtant civiliams gyventojams ir atsigaunant pramonei, Senosios prieplaukos vietoje susikūrė stipri upių transporto įmonė, kurios paskirtis buvo žymiai platesnė: gabenti baržomis maisto prekes iš Kauno, vilkikais plukdyti Nemunu sielius į Danės upės pakrantėse įsikūrusias medienos apdirbimo įmones, upių transportu pervežti keleivius. Žiemos metu dalis laivyno pasilikdavo Kaune, todėl būtent Kaune susikūrė Nemuno laivininkystė, kuriai priklausė upinių laivų statykla, uostas ir remonto bazės.
Upių transporto reikšmė sumenko, visas transportinis upių laivynas perėjo Nemuno laivininkystės žinion, ir Senoji Perkėla, įgijusi savarankiško ūkiskaitinio administravimo statusą, palaipsniui sugrįžo prie pradinės, svarbiausiosios funkcijos - užtikrinti susisiekimą per Kuršių marias. Tuo metu (apie 1960 - 1970 m.) buvo įsigyti 4 upiniai keltai, vienas iš jų sėkmingai plaukioja iki šiol.
Augo pramonė, sparčiai vystėsi turizmas. Lietuvoje, ypač Kuršių nerijoje, ėmė steigtis naujos poilsio bazės, suaktyvėjo statybos darbai. Natūralu, jog šie procesai žymiai padidino besikeliančio transporto, krovinių ir keleivių kiekį. Senosios perkėlos darbas ėmė strigti. Todėl specialiai transporto ir krovinių perkėlimui 1986 metais buvo atidaryta Naujoji perkėla, su keturiais naujo tipo erdviais keltais, du iš jų dirba ir dabar.
Nepriklausomoje Lietuvoje Smiltynės perkėla kaip akcinė bendrovė įregistruota nuo 1991 m. gegužės 30 d.
Taigi, "Smiltynės perkėla" - vienintelė Lietuvos bendrovė, turinti daugiau nei pusės amžiaus patirtį keleivinio vidaus vandens transporto sferoje.